มัสยิดอัลมุกนีเป็นมัสยิด ชุมชน ๒ หมู่บ้าน คือ หมูที่ ๑ บ้านเหมืองตะกั่ว และ หมู่ที่ ๖ บ้านเขาจันทร์ โดย สัปบุรุษส่วนมาก อพยพมาจาก บ้านหัวปาบ อำเภอควนเนียง สงขลา จึงเรียกว่าหย่อมหัวปาบ มัสยิดนี้ เดิมที่ตั้งอยู่ที่ ๕๐๐ เมตร ไปทางทิศตะวันตก หน้าบ้านของนายดีน หลีอารัน ในปัจุบัน โดยมีนาย เหล็บ หลีอารัน เป็นผู้นำศาสนา
เป็นสถานประกอบศาสนกิจ ละหมาด ๕ เวลา แต่การละหมาดวันศุกร์ยังคง ต้องเดินทางที่มัสยิดในหมํูบ้าน(บ้านเหมืองตะกั่ว)
ปี ๒๕๒๕ เริ่มก่อตั้งบาลาย ณ ที่ปัจจุบัน เรียกว่าบาลายหัวปาบ
ปี ๒๕๔๐ ได้แยกทำละหมาดวันศุกร์เป็นเอกเทศ จากบ้านเหมืองตะกั่ว
ปี ๒๕๔๒ ได้ขออนุญาตการใช้ที่ดิน สปก.เพื่อการก่อสร้างมัสยิด เนื้อที่ทั้งสิ้น ๒ไร่ ๒ งาน - ตารางวา (๘/๑๐/๒๕๔๒)
ปี ๒๕๔๔ ได้รับอนุญาตให้จัดต้้งมัสยิดได้
ปี ๒๕๔๕ ได้แต่งตั้งคณะกรรมการมัสยิดชุดแรกโดยเลือกตั้งให้นายเสะ โส๊ะหลี เป็นอิหม่าม
ปี ๒๕๔๕ ได้จดทะเบียนการจัดตั้งมัสยิด (๒๒/๔/๒๕๔๕)
ปี ๒๕๔๗ ได้จดทะเบียน ศูนย์อบรมศาสนาอิสลามและจริยธรรมประจำมัสยิด (คุรุสัมพันธ์) เลขที่ พท.๘/๒๕๔๗ ลงวันที่
๒๓/๖/๒๕๔๗
ปี ๒๕๕๒ ได้สร้างมัสยิดหลังใหม่ยกสูง ขนาด๙.๗๐x๑๔ ม. ลงรากเมื่อวันที่ ๘ มีนาคม ๒๕๕๒ โดยมูลนิธิส่งเสริมจริยธรรม
ปัตตานี
ปี ๒๕๕๗ เนื่องจากบันไดขึ้นมัสยิด มีความสูงชัน ทำให้มีความลำบากในการขึ้นลง ทำให้ผู้คนที่มีอายุมากๆ มีความลำบากในการ
ขึ้นลงบันได โดยเฉพาะในวันที่ฝนตกทำให้บันไดลื่น ให้เกิดอุบัติเหตุบ่อยครั้ง ทางคณะกรรมการมีมติให้ต่อเติมชั้น ๒
เพื่อเป็นสถานที่ละหมาดวันศุกร์ และทั่วไป หากสถานที่ไม่เพียงพอ ก็จะขึ้นละหมาดชั้นบน
ปี ๒๕๖๐ ได้มีการบูรณะซ่อมแซมสถานที่อาบนำ้ละหมาด ๑ห้องนำ้ ๒ ห้องส้วม และห้องเก็บของ จากการสนับสนุนของ
วัฒนธรรมจังหวัด เป็เงินจำนวน ๗๑,๐๐๐บาท
ได้มีการสร้างศาลาอเนกประสงค์ ต่อจากหลังเก่าพร้อมกับ ห้องครัว(โรงตออาม) ได้รับงบประมาณจาก โครงการประชา
รัฐ
ปี ๒๕๖๒ ได้รับงบประมาณจาก การไฟฟ้าฝ่ายผลิต สร้างกำแพงรอบมัสยิด ได้เงินสนับสนุน จำนวน ๑๕๐,๐๐๐ บาท
ปี ๒๕๖๒ ได้รับบริจาคที่ดินที่ติดกับมัสยิด ประมาณ 3 ห้อง จากนายเหย๊ะ โต๊ะหลงหมาด