มัสยิดบางคลีมุสลิม เริ่มก่อตั้งครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2486 ในพื้นที่ประมาณ 20 ตารางวา ต่อมาในปี พ.ศ.2493 นายสาด ดำนิล ได้วากัฟที่ดินจำนวน 2 งาน 7 ตารางวา. จึงได้ทำการก่อสร้างมัสยิดในที่ดินแห่งใหม่ และได้ปรับปรุง บูรณะ หลายครั้งด้วยกันจนถึงปัจจุบัน ด้วยความร่วมมือของสัปปุรุษในพื้นที่ มัสยิดหลังนี้ได้จดทะเบียนอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 3 กันยายน พ.ศ. 2496 โดยมีฮัจยีมะหะหมัด สารีรัตน์ เป็นอีหม่าม ต่อมานายต้อเหล็บ พืชเส็น ดำรงตำแหน่งอีหม่ามมัสยิดบางคลีมุสลิม ตั้งแต่วันที่ 8 มกราคม 2502 หลังจากนั้นนายสถิต ลาภมาก ดำรงตำแหน่งตั้งแต่วันที่ 24 พฤษภาคม 2560 จนถึงปัจจุบัน