มัสยิดกูวาตุดดีนตั้งอยู่ในซอยอุดมสุขแต่เดิมเรียกว่าซอยเกาะกอกโต๊ะครุเก่าแก่ของที่นี้ได้บริจากที่ดินเพื่อจัดตั้งเป็นโรงเรียนสอนศาสนาแก่เด็กในชุมชน
ต่อมาไดมีการรวมตัวกันขื้นสร้างสุเหร่าเพื่อรวมตัวกันปฏิบัตศาสนกิจและได้จดทะเบียนในนามมัสยิดกูวาตุดดีนในวันที่9 ก.ย 2545
โดยมีนายหมัดโนีต หะสะเล็ม เป็นอีหมา่มประจำมัสยิด