ปี พ.ศ.2540 เป็นปีก่อสร้างมัสยิดพร้อมกับอาคารเอนกประสงค์ ซึ่งมัสยิดได้รับงบประมาณในการก่อสร้างตัวอาคารจากมูลนิธิจากประเทศ คูเวต โดยขณะนั้นพี่น้องมุสลิมในชุมชนจะต้องเดินทางไปละหมาดกับมัสยิดถัดไปอีกชุมชนซึ่งมีระยะทางประมาณ
3 กิโลเมตร จนนายอาเฉด ศิวลักษณ์ ซึ่งเป็นวิทยากรอิสลามศึกษาในพื้นที่ขณะนั้นร่วมกับพี่น้องมุสลิมในชุมชนได้ขอสนับสนุนงบประมาณดังกล่าวในการก่อสร้างอาคารมัสยิดจนแล้วเสร็จ
ปี พ.ศ.2549 เป็นปีจัดตั้งศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด(ตาดีกา)ฮูดัลเลาะฮ์ โดยใช้อาคาร เอนกประสงค์ประจำมัสยิดเป็นชั้นเรียน และมีนายหมาดเหรบ หลังเถาะ ซึ่งทำหน้าที่เป็นอีหม่ามประจำมัสยิดได้ขออนุญาติจัดตั้งศูนย์ฯ เป็นศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด(ตาดีกา)ฮูดัลเลาะฮ์ ตามระเบียบของกระทรวงศึกษาธิการ หมวด 1 ข้อ 5 และข้อ 7 ว่าด้วยศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด(ตาดีกา)ในจังหวัดปัตตานี ยะลา นราธิวาส(ฉบับที่2) พ.ศ.2550 ซึ่งเป็นการส่งเสริม ปลูกฝัง สร้างความตระหนักถึงความสำคัญในการดำเนินชีวิตตามแนวทางของศาสนาอิสลาม
ปี พ.ศ.2557 มัสยิดฮูดัลเลาะฮ์ เปิดทำการสอนตามหลักสูตรอิสลามศึกษาฟัรฎูอีนประจำมัสยิด การคมนาคม มัสยิดฮูดัลเลาะฮ์ ตั้งอยู่หมู่ที่ 6 ตำบลนาทอน อำเภอทุ่งหว้า จังหวัดสตูล ซึ่งห่างจากสำนักงานคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดสตูลประมาณ 67.9 กิโลเมตร ใช้เวลาเดินทางผ่านเส้นทางถนนหมายเลข 406 โดยรถยนต์ประมาณ 59 นาที