ปี พ.ศ.2540 เป็นปีก่อสร้างมัสยิดพร้อมกับอาคารเอนกประสงค์ ซึ่งมัสยิดได้รับงบประมาณในการก่อสร้างตัวอาคารจากมูลนิธิจากประเทศ คูเวต โดยขณะนั้นพี่น้องมุสลิมในชุมชนจะต้องเดินทางไปละหมาดกับมัสยิดถัดไปอีกชุมชนซึ่งมีระยะทางประมาณ
3 กิโลเมตร จนนายอาเฉด ศิวลักษณ์ ซึ่งเป็นวิทยากรอิสลามศึกษาในพื้นที่ขณะนั้นร่วมกับพี่น้องมุสลิมในชุมชนได้ขอสนับสนุนงบประมาณดังกล่าวในการก่อสร้างอาคารมัสยิดจนแล้วเสร็จ
ปี พ.ศ.2549 เป็นปีจัดตั้งศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด(ตาดีกา)ฮูดัลเลาะฮ์ โดยใช้อาคาร เอนกประสงค์ประจำมัสยิดเป็นชั้นเรียน และมีนายหมาดเหรบ หลังเถาะ ซึ่งทำหน้าที่เป็นอีหม่ามประจำมัสยิดได้ขออนุญาติจัดตั้งศูนย์ฯ เป็นศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด(ตาดีกา)ฮูดัลเลาะฮ์ ตามระเบียบของกระทรวงศึกษาธิการ หมวด 1 ข้อ 5 และข้อ 7 ว่าด้วยศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด(ตาดีกา)ในจังหวัดปัตตานี ยะลา นราธิวาส(ฉบับที่2) พ.ศ.2550 ซึ่งเป็นการส่งเสริม ปลูกฝัง สร้างความตระหนักถึงความสำคัญในการดำเนินชีวิตตามแนวทางของศาสนาอิสลาม
ปี พ.ศ.2557 มัสยิดฮูดัลเลาะฮ์ เปิดทำการสอนตามหลักสูตรอิสลามศึกษาฟัรฎูอีนประจำมัสยิด การคมนาคม มัสยิดฮูดัลเลาะฮ์ ตั้งอยู่หมู่ที่ 6 ตำบลนาทอน อำเภอทุ่งหว้า จังหวัดสตูล ซึ่งห่างจากสำนักงานคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดสตูลประมาณ 67.9 กิโลเมตร ใช้เวลาเดินทางผ่านเส้นทางถนนหมายเลข 406 โดยรถยนต์ประมาณ 59 นาที เมื่อปี พ.ศ.2562 มัสยิดได้รับการบริจาคที่ดินจำนวน 1 แปลง โดยได้รับการบริจาคจากผู้มีจิตศรัทธา คือ นายเจ๊ะหนาด จิตต์หลัง บิดาของนางมะลินี จิตต์หลัง ที่ดินมีขนาด 3 งาน 67 ตารางวา วัตถุประสงค์เพื่อก่อสร้างมัสยิดหลังใหม่แทนมัสยิดหลังเดิม ในขณะนั้นมีนายนพดล ยันตาภรณ์ เป็นอีหม่าม นายฉวาท สมบูรณ์สร้าง เป็นคอเต็บ มีนายทวีศักดิ์ หลังเถาะ เป็นบิหลั่ล ได้รับบริจาคที่ดินจากผู้บริจาคเมื่อวันที่ 17 มิถุนายน 2562 และมัสยิดหลังใหม่ได้เปิดใช้อย่างเป็นทางการ เมื่อวันศุกร์ ที่ 18 มิถุนายน 2564 เรื่อยมาจนเมื่อปี พ.ศ.2567 นายนพดล ยันตาภรณ์และนายฉวาท สมบูรณ์สร้าง ได้ลาออกจากตำแหน่งและได้มีการคัดเลือกอีหม่าม,คอเต็บ,บิหลั่ลรวมถึงคณะกรรมการใหม่แทนคณะฯชุดเก่าทั้งหมด เมื่อวันที่ หลังจากได้มีการคัดเลือกคณะกรรมการชุดใหม่จึงได้รับการอนุมัติแต่งตั้งอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 4 ตุลาคม 2568 จนถึงปีปัจจุบัน พ.ศ.2569 โดยมี นายทวีศักดิ์ หลังเถาะ เป็นอีหม่าม มีนายสมหมาย ละเมาะ เป็นคอเต็บและมีนายสมหมาย อาดำ เป็นบิหลั่ล