มัสยิดบูเก็ตบูหงา จดทะเบียนเมื่อวันที่ 1 กันยายน พศ.2509 ทะเบียนเลขที่ 77 ตั้งอยู่ติดถนนยนตรการกำธร หมู่ที่ 7 ตำบนคลองขุด อำเภอเมืองสตูล จังหวัดสตูล จำนวนเนื้อที่ 1 ไร่
มัสยิดบูเก็ตบูหงา เริ่มก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ.2500 โดยก่อนหน้านั้นชาวบ้านคลองขุดได้สร้างเป็นอาคารไม้ยกพื้น เพื่อใช้เป็นที่ละหมาด เรียนอันกุรอานและทำกิจกรรมอื่นๆ ทางศาสนา
ต่อมาเมื่อสัปบุรุษเพิ่มมากขึ้น จึงได้เริ่มก่อสร้างอาคารมัสยิดหลังใหม่ขึ้นเป็นอาคารคอนกรีตครึ่งไม้ชั้นเดียวบนที่ดิน 1 ไร่ บริจาคโดย นายฮัจยีหมีด มนูณดาหวี เมื่อสร้างเสร็จชาวบ้านคลองขุด ก็ใช้เป็นที่ละหมาดวันศุกร์ รวมทั้งกิจกรรมอื่นๆทางศาสนา โดยมีนายฮัจยีกาสา มนูณดาหวี เป็นอิหม่าม
สำหรับอาคารมัสยิดหลังปัจจุบันเป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็กชั้นเดียวหลังคาดาดฟ้า ก่อสร้างเมื่อ พ.ศ.2528 จนถึง พ.ศ.2535
เสร็จสมบูรณ์ใช้ประกอบศาสนกิจตลอดมาจนถึงปัจจุบัน ซึ่งมีสัปบุรุษพันกว่าคน มีคณะกรรมการบริหารงานมัสยิด 15 คน