มัสยิดบ้านคลองโตบ เมื่อก่อนเป็นบาลาเซาะห์ ในสมัยนั้น (ก่อนปี พ.ศ.2530) หมู่บ้านคลองโตบยังเป็นหมู่บ้านเดียวกันกับบ้านคลองนิน หมู่ที่ 6 ต.เกาะลันตาใหญ่ ต่อมาได้มีการแบ่งแยกหมู่บ้านมาเป็น หมู่ที่ 8 บ้านคลองโตบ และได้เปลี่ยนสถานะจากบาลาเซาะห์มาเป็นมัสยิดบ้านคลองโตบ โดยการขึ้นทะเบียนเป็นมัสยิดเมื่อ วันที่ 16 ธันวาคม พ.ศ. 2530 เป็นต้นมา