ความเป็นมาของมัสยิดนี้เริ่มต้นจากการอุทิศที่ดิน จากนางลาเสี้ยะ พึ่งหล้า ให้กับอีหม่ามคือนายม่าสาด มาตรบุตร เป็นมัสยิดหลังแรกในตำบลคลองหิน ตอนนั้น มีผู้คนเดินทางมาจากต่างตำบล ต่างหมู่บ้าน เช่น ตำบลเขาขาว ตำบลบ้านกลาง บ้านศาลาพระม่วง บ้านหนองหลุมพอ บ้านเขางาม เป็นต้น
อีหม่ามได้พัฒนาจากมัสยิดไม้ โดยการสร้างมัสยิดหลังใหม่ขึ้นมา ขอขึ้นทะเบียนจากผู้ว่าราชการจังหวัด ได้รับอนุมัติ ให้ขึ้นทะเบียน มัสยิดนูรุ้ลยากีน (บ้านนบใหม่) เลขที่ 28 หมู่ที่ 4 ต.คลองหิน อ.อ่าวลึก จ.กระบี่ ในวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ.2492 และหลังจากนั้นได้มีการพัฒนา ปรับปรุง เพิ่มเติม มาอย่างต่อเนื่องจนถึงปัจจุบัน