สมัยก่อน ชุมชนบ้านควน มีผู้คนอาศัยอยู่ไม่กี่หลังคาเรือน แต่ด้วยจิตสำนึกของคนมุสลิมที่สั่งสอนกันมาตลอดว่า เมื่อถึงวันศุกร์ผู้ชายมุสลิม จำเป็นจะต้องไปละหมาดที่มัสยิด เมื่อชุมชนบ้านควนในขณะนั้น ไม่มีมัสยิด ผู้คนก็จะเดินทางไปละหมาดยังมัสยิดต่างหมู่บ้านใกล้เคียง เช่นบ้านคลองหมาก บ้านคลองเขม้า ซึ่งการเดินทางไปกลับต้องใช้เวลานาน เกิดความไม่สะดวก นายซำซุดิน จงจิตร ซึ่งเป็นผู้ใหญ่บ้านในขณะนั้น เล็งเห็นความเดือดร้อน จึงได้บริจาค (วากัฟ) ที่ดิน เพื่อจัดสร้างมัสยิดขึ้น โดยระดมชาวบ้านช่วยกันก่อสร้างมัสยิดหลังแรกขึ้น เป็นอาคารไม้ธรรมดา ยกพื้นสูง หลังคามุงจาก ขนาดกว้าง 10 เมตร X ยาว 10 เมตร ซึ่งเริ่มแรกก็ยังไม่มีการละหมาดวันศุกร์ ด้วยจำนวนสัปบุรุษในชุมชน ที่ยังมีไม่มาก ประมาณได้ว่าน่าจะอยู่ในช่วง พ.ศ.2478 - 2483
พ.ศ.2508 ได้มีการก่อสร้างมัสยิดหลังที่ 2 ทดแทนหลังเดิมที่ชำรุด บริเวณพื้นที่ใกล้เคียงกับมัสยิดหลังแรก เป็นอาคารครึ่งปูนครึ่งไม้ เทพื้นคอนกรีต หลังคามุงสังกะสี ผนังก่อด้วยอิฐมอญแดง และเริ่มมีการละหมาดวันศุกร์ โดยมีอิหม่ามคนแรกคือ โต๊ะบัยซำซูดิน ซึ่งเป็นคนเชื้อสายมาเลเซีย ที่ย้ายครอบครัวและมาแต่งงานกับคนบ้านควน ต่อมาเมื่ออิหม่ามซำซูดินเสียชีวิต โต๊ะยีแหม๊ ซึ่งเป็นคอเตบในขณะนั้น ขึ้นดำรงอิหม่ามแทน ภายหลังจากที่อิหม่าม
โต๊ะยีแหม๊เสียชีวิต ฮัจยีเดีย มาศโอสถ ชาวบ้านไร่ใหญ่ ซึ่งมาได้ภรรยาชาวบ้านควน ได้รับเลือกจากชาวบ้าน ขึ้นดำรงอิหม่ามคนที่ 3 และเริ่มมีการเปิด สอน-เรียน โรงเรียนฟัรดูอีน ขึ้น โดยมีครูอับดุลเลาะห์ มาศโอสถ ลูกอิหม่ามฮัจยีเดีย เป็นผู้ดำเนินการ
พ.ศ.2519 จากจำนวนประชากรที่เพิ่มมากขึ้น มัสยิดเริ่มคับแคบ จึงได้มีการขยับขยายก่อสร้างมัสยิดหลังที่ 3 บริเวณพื้นที่มัสยิดหลังแรกที่ถูกรื้อถอนไป เป็นอาคารคอนกรีตทั้งหลัง มุงหลังคาด้วยกระเบื้อง พื้นขัดมัน และเริ่มมีกระแสไฟฟ้าใช้
พ.ศ.2547 จากจำนวนประชากรที่เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง แนวโน้มมัสยิดไม่สามารถรองรับการปฏิบัติศาสนกิจของพี่น้องมุสลิมได้เพียงพอ โดยเฉพาะในช่วงวันสำคัญทางศาสนา ประกอบกับมัสยิดเองในขณะนั้น มีช่องทาง ที่จะขอรับเงินสนับสนุนจากประเทศตะวันออกกลาง ผู้บริหารมัสยิดในสมัยนั้น จึงตัดสินใจระดมทุนจากชาวบ้าน สมทบทุนร่วมกันก่อสร้างมัสยิดหลังใหม่ เป็นหลังที่ 4 บนพื้นที่ตั้งของมัสยิดหลังที่สองที่ถูกรื้อถอนไป ซึ่งก็คืออาคารมัสยิดหลังปัจจุบัน ลักษณะเป็นอาคารคอนกรีตทั้งหลัง ขนาด กว้าง 12 เมตร X ยาว 20 เมตร มีโดมมัสยิด หลังคาปูด้วยแผ่นพื้นคอนกรีตสำหรับรูป พื้นมัสยิดเป็นหินขัดทั้งหลัง และได้ทำพิธีเปิดมัสยิดเมื่อวันที่ 2 กุมภาพันธ์ 2548
พ.ศ.2558 อิหม่ามฮัจยีเดีย มาศโอสถ ลาออก จากปัญหาด้านสุขภาพและความชราภาพ เดือนมิถุนายน ในปีเดียวกัน ชาวบ้านได้เลือกฮัจยีม่าหนาบ จงจิตร เป็นอิหม่ามมัสยิดบ้านควน คนที่สี่ และดำรงตำแหน่งจนถึงปัจจุบัน