ความเป็นมาของมัสยิดบ้านหว่างคลอง เกิดขึ้นจากย้ายเข้ามาของคนมุสลิม 3 ครอบครัว โดยอพยพมาจากบ้านไร่ใหญ่ ตอนนั้นยังไม่มีมัสยิด โดยทำการละหมาดกันที่บ้านโต๊ะใบสมัน และทำการฮารีรายอที่บ้านด้วย แต่ยังไม่มีการทำละหมาดวันศุกร์ ทำกันมาเป็นระยะเวลา 3 ปี มีสัปบุรุษเพิ่มขึ้นประมาณ 14-15 คน และเริ่มมีการจัดตั้งมัสยิด โดยมีนายหาก หมดจด เป็นคนวากัฟที่ดินให้เพื่อจัดตั้งมัสยิด โดยเริ่มสร้างมัสยิด ในชุมชน สภาพอาคารมัสยิดใช้เสาไม้ ฝากั้นด้วยไม้ไผ่ หลังคามุงจาก แต่ยังไม่มีโดมมัสยิด ความกว้าง 4 เมตร ยาว 9 เมตร พื้นมัสยิดเป็นพื้นดินต้องใช้เสื่อรองในการละหมาด และได้มีการเสนอชื่อ นายอี เกณฑ์บุตร เป็นอีหม่าม นายโส๊ะ หมาดสม เป็นคอเตบ นายอุมาก เชื้อสง่า เป็นบิหลัน ยังไม่มีคณะกรรมการ มีแต่โต๊ะเซียก ชื่อชายนุ้ย เป็นคนดูแลมัสยิด และยังไม่มีการทำละหมาดวันศุกร์ คณะกรรมการชุดนี้ได้ดำรงตำแหน่ง 6 ปี จนมีการเปลี่ยนแปลงบิหลัน จากนายอุมาก เชื้อสง่า เป็นนายอี มีล่าม หลังจากนั้นก็ได้มีการเปลี่ยนแปลงเรื่อยมาจนถึงปัจจุบันจากการเปลี่ยนแปลงของการจัดตั้งมัสยิด